Muzikos mokymu prasidėjo Nacionalinės M. K. Čiurlionio menų mokyklos gyvavimas 1945 m. Ir šiuo metu muzikos skyrius mokykloje yra pats didžiausias. Nuo pat pirmųjų darbo metų iki šiol čia ruošiami muzikai profesionalai.

Mokslas
Muzikos skyriuje mokoma šių specialybių: fortepijono, styginių, pučiamųjų instrumentų, chorinio dirigavimo, muzikos teorijos ir kompozicijos, akompanimento. Be specialybės ir bendrojo lavinimo dalykų, kiekviename skyriuje moksleiviai mokosi muzikos istorijos ir muzikos teorijos, fortepijono, solfedžio. II-IV gimnazijos klasėse – harmonijos ir muzikos kūrinių analizės dalykų. Moksleiviai dalyvauja įvairiuose konkursuose, meistriškumo pamokose, koncertuoja Lietuvoje ir užsienyje.

Tradiciniai renginiai
Kasmet mokykloje vyksta tradiciniai muzikos skyriaus renginiai: „Viva la musica", Abiturientų opera ir koncertų ciklas „Po Čiurlionio žvaigžde". Siekdami lavinti sceninius moksleivių įgūdžius, suteikti galimybę talentingiems vaikams iš visos Lietuvos pasirodyti scenoje, rengiame koncertus, respublikinius ir tarptautinius konkursus bei festivalius. Vykdomas tarptautinis bendradarbiavimas su Europos mokyklomis, taip pat Kosta Rikoje ir ktose šalyse.