Muzikos skyrius, dabartinės Nacionalinės M.K.Čiurlionio menų mokyklos pradžia, įkurtas 1945 metais, kiti skyriai - vėliau (1952 m. - choreografijos, 1960 m. - dailės). Nuo pirmųjų mokyklos darbo metų muzikos skyriuje mokoma šių specialybių - fortepijono, styginių, pučiamųjų, chorinio dirigavimo, muzikos teorijos. 1950 m. mokyklą baigė pirmoji pianistų, 1952 m. - styginių, 1956 m. - chorvedžių ir pūtikų laida, 1957 m. - pirmieji teorinio skyriaus absolventai. Bėgant laikui, muzikos skyriuje mokėsi vis daugiau moksleivių ir 30-40 gabiausių kasmet baigdavo mokyklą. Šiuo metu muzikos skyriaus absolventų skaičius siekia jau per 1000. Ir dabartinių moksleivių, ir mokyklą baigusių pavardės dažnai pastebimos koncertų, rečitalių afišose, jie koncertuoja garsiosiose pasaulio scenose, groja orkestruose, ansambliuose, dalyvauja festivaliuose bei konkursuose.
Minint mokyklos 65 - metį įvyko daug gražių renginių: kaip antai 2010 m. spalio 19d. vyko koncertas Vilniaus rotušėje, kuriame dalyvavo buvę „čiurlioniukai" - A. Šikšniūtė, R. Mataitytė, E. Kulikauskas, J. Armonaitė, R. Kalnėnaitė, I. aikštytė, D. ir A. Puodžiukai, P. Jaraminas, G. Gelgotas, G. Kondrotaitė, R. Armonas, R. Tallat-Kelpšaitė, G. Cinauskas, I. Rupaitė, P. Jacunskas. 2010 m. lapkričio 24 d. Nacionalinės filharmonijos salėje vyko nepaprastai nuotaikingas bei prasmingas koncertas. Koncerto dalyviai - tarsi dviejų kartų „čiurlioniukų" atstovai. Tai pasaulinę šlovę pelnę atlikėjai: D. Geringas ir P. Geniušas. Jaunąją kartą atstovavo pianistė E. Puzaitė ir smuikininkė D. Galvydytė.
Paskutinis koncertas, vainikuojantis šventinių koncertų ciklą, įvyko NMKČ „Šokio teatre". Tai tradicinis kalėdinis koncertas „Viva la Musica".
Nacionalinėje M.K. Čiurlionio menų mokykloje kelią į didįjį meną pradėjo garsūs Lietuvos menininkai: Leopoldas Digrys, Feliksas Bajoras, Jonas Aleksa, Mūza Rubackytė, Gintaras Rinkevičius, Aldona ir Jurgis Dvarionai, Dovydas Geringas, Danutė Pomerancaitė, Audronė ir Birutė Vainiūnaitės, Bernardas Vasiliauskas, Veronika Vitaitė, Martynas Švėgžda von Bekeris, Juozas Širvinskas ir daugelis kitų.
Fortepijono skyrius, vadovaujamas mokytojos Eglės Jurkevičiūtės - Navickienės, jau seniai garsėja aukšto lygio pedagogais ir jų išugdytais pianistais. Jie žymūs Lietuvoje ir už jos ribų, ne kartą yra tapę įvairių respublikinių ir tarptautinių konkursų laureatais. Šio skyriaus absolventai - aktyvūs nūdienos Lietuvos ir užsienio koncertinio gyvenimo dalyviai. Pastaraisiais metais mokyklos vardą garsina Kristina Annamukhamedova (mokytoja I. Baikštytė), Aretas Botyrius (mokytoja J. Karosaitė), Ignas Maknickas (mokytoja V. Lipniagovienė), Paulius Pancekauskas (mokytojas A. Puodžiukas).
Styginių skyriui vadovauja mokytojas Dainius Puodžiukas. Čia jaunieji muzikai ne tik rengia solo programas, bet dažnai koncertuoja su mokyklos styginių ir simfoniniais orkestrais, groja įvairios sudėties ansambliuose. Koncerte, skirtame mokyklos 60-ečiui skambėjo F.Mendelssohn-Bartholdy. Koncertas smuikui ir orkestrui e-moll, kurio tris dalis su mokyklos orkestru atliko net trys solistai - A.Galdikas, F.Petraitis (mokytoja U.Jagėlaitė) ir A.Šochas (mokytoja B.Šmidtienė). Vyresniųjų klasių moksleiviai griežia kameriniuose ansambliuose. Kamerinio ansamblio skyriui vadovauja mokytoja Indrė Baikštytė. Šio skyriaus mokiniai sėkmingai dalyvauja ne tik respublikiniuose, bet ir tarptautiniuose konkursuose. Profesorės Audronės Vainiūnaitės parengtas kvartetas (I. Pranskutė - pirmas smuikas, E. Kaunietytė - antras smuikas, U. Petrauskaitė - altas ir E. Daunytė - violončelė) pirmasis iš Lietuvos kolektyvų grojo legendinėje Londono „Wigmore Hall" salėje. Tai pat mokyklos styginių kvartetas (mokytoja A.Vainiūnaitė) pelnė laurus konkurse "Skambanti banga". Ryškiausi styginių skyriaus talentai, nuolat siekiantys naujų aukštumų konkursuose, dažnai koncertuojantys: A.Šochas, (mokytoja B.Šmidtienė), Dmitrij Berezin (mokytoja T.Kuc), Elena Daunytė (mokytojas R.Armonas), Aistė Baliunytė (mokytoja D.Šlyžienė), Rūta Mažolytė (mokytojas J. Dvarionas). Styginių skyriuje dirba ne vienas puikus pedagogas, išugdęs atlikėjus, šiandien garsinančius Lietuvos vardą pasaulyje.
Praeityje garsaus styginių orkestro įkūrėjas yra prof. S. Sondeckis. Prieš 30 metų šis orkestras pelnė aukso medalį H.von Karajano konkurse Vokietijoje, o 2005 m. jam įteikta pirmoji premija su pagyrimu tarptautiniame jaunimo orkestrų konkurse Neerpelte Belgijoje. Šiuo metu mokykloje yra du orkestrai: 9-12 kl. simfoninis orkestras (vad. Martynas Staškus) ir kamerinis styginių orkestras 7-8 kl. (vad. Dainius Puodžiukas). Jų parengtos programos jau skambėjo Nacionalinės Filharmonijos salėje, orkestro gastrolių maršrutai pasiekė Kauną, Šiaulius, Klaipėdą, Plungę, Alytų, Panevėžį.
Prieš keletą dešimtmečių šviesios atminties mokytojo T. Šerno įkurtas smuikininkų ansamblis šiandien tęsia savo tradiciją - gyvuoja 5-6 klasių smuikininkų ansamblis, kuriam labai sėkmingai vadovauja mokytojas Artūras Šilalė. Garsusis smuikininkų ansamblis, pelnęs apdovanojimus tarptautiniuose konkursuose, grojęs šimtus koncertų prestižinėse salėse ir šiandien nuolat kviečiamas dalyvauti įvairiuose renginiuose. 2005 m. jie grojo bendrame koncerte, skirtame žymaus olandų pedagogo Pjero van Hauvės 85 gimtadienio proga Delft mieste. Ir šiandien šis jaunųjų smuikininkų ansamblis daug koncertuoja ne tik Vilniaus miesto koncertinėse erdvėse, bet yra maloniai kviečiamas dalyvauti įvairiose šventėse ir kituose Lietuvos miestuose bei už jos ribų.
Chorinio dirigavimo skyriuje greta individualių disciplinų ypatingas dėmesys skiriamas moksleivių dainavimui bendrame chore. Šiuo metu mokykloje suburti keli chorai. Patiems mažiausiems - pirmaklasiams vadovauja mokytoja E.Ganusauskienė, 2-6 klasių choristams diriguoja šio skyriaus vedėja S.Krikščiūnaitė. Su vyriausiais (7-12 klasių) chorvedžiais dirba mokytojas R.Gražinis. Mokyklos choristai aktyviai dalyvauja įvairiuose projektuose, rengia naujas chorines partitūras.
Teoriniame skyriuje mokoma įvairių disciplinų: solfedžio, ritmikos, muzikos istorijos, muzikos teorijos, harmonijos, muzikos kūrinių analizės, kompozicijos. Teorinio skyriaus pedagogai, vadovaujami mokytojo eksperto A.Kiškio, lavina įgūdžius, be kurių neįmanomas visapusis muzikos suvokimas bei jos pažinimas. Gabūs moksleiviai 9-je klasėje gali rinktis teoretiko ar kompozicijos specialybes.
Pučiamųjų instrumentų skyriui vadovauja Antanas Ladyga. Aktyviai koncertuoja, dalyvauja respublikiniuose ir tarptautiniuose konkursuose varinių pučiamųjų kvintetas (vadovas A.Ladyga), K. Gikas (mokytojas G. Gelgotas), G. Petkevičiūtė ir P. Čepulis (mokytojas A. Taločka), buvę mokyklos mokiniai S.Ščerbavičiūtė (mokytojas L.Gailiūnas), V.Oškinis (mokytoja Ž.Valkaitytė).
