Nacionalinės M.K.Čiurlionio menų mokyklos pradinio ir meninio, pagrindinio ir meninio, vidurinio ir meninio ugdymo programos atitinka Lietuvos Respublikos Švietimo ir mokslo ministerijos patvirtintas bendrojo ugdymo programas, tad mūsų moksleiviai, nusprendę keisti savo būsimąją profesiją, be problemų tęsia mokslus kitose mokyklose. Jie sėkmingai įstoja į tokias prestižines mokymo įstaigas kaip Vilniaus tiksliųjų ir gamtos mokslų licėjų, Jėzuitų gimnaziją ar kitas gimnazijas, kuriose itin aukštas atrankos koeficientas. Valstybinių egzaminų metu mūsų abiturientų surinkti balai leidžia jiems rinktis ne tik menų akademijas, jie sėkmingai studijuoja kitose Lietuvos bei užsienio šalių aukštosiose kolegijose bei universitetuose.
Mokiniams sudaromos galimybės pasirinkti dalykų kursus ir modulius atsižvelgiant į savo poreikius ir tolesnio mokymosi perspektyvą. Yra stacionarus, savarankiškas mokymas, bei mokymasis eksternu.
M.K.Čiurlionio menų mokyklos bendrojo lavinimo skyriuje dirba 54 pedagogai: 2 mokytojai ekspertai, 17 metodininkų, 20 vyresniųjų mokytojų, 15 mokytojų.
Bendrojo lavinimo skyriuje veikia 5 mokytojų metodinės grupės, kurios organizuoja ugdymo procesą, vykdo projektus, rengia metodinę medžiagą, planuoja neformalųjį ugdymą.
Ugdymas pradinėse 1-4 klasėse vykdomas pagal Bendrąsias pradinio ugdymo programas. Vertinant mokinių pažangą ir pasiekimus taikomas formuojamasis (žodžiu ir raštu), diagnostinis (pagal pasirinktą vertinimo būdą) ir apibendrinamasis (aprašas) . Pradinėse klasėse vykdoma ir neformaliojo ugdymo programa, skirta mokinių asmeninėms kompetencijoms ugdyti. Šioje veikloje noriai dalyvauja mokinių tėvai, globėjai. Jau tradicija tapo kalėdiniai renginiai, išvykos – ekskursijos. Mokiniai supažindinami su M.K.Čiurlionio vaikyste, kūryba, minimos menininko gimimo metinės. Sausio, vasario, kovo mėnesiais supažindinami su valstybinių švenčių svarba. Dalyvauja Taikomosios dailės muziejaus ir Nacionalinės dailės muziejaus edukacinėse programose. Ypač daug rengiamasi Liaudies dainų šventei, kuri tradiciškai vyksta pavasarį. Po šventės – ne mažiau svarbi dalis – kermošius, į kurį sunešami gražiausi mokinių rankdarbiai, skaniausi kepiniai.
Informacinių technologijų mokytojai ieško bendradarbiavimo galimybių integruojantis su kitų mokomųjų dalykų temomis. Integruotos pamokos vyksta su lietuvių k., matematika, biologija, fizika. Procesą lengvina tai, kad beveik visos klasės aprūpintos kompiuterine technika, Multimedia projektoriais.
Biologai organizuoja Pasaulinės AIDS dienos minėjimą, įvairiomis formomis prisimenama Pasaulinė Žemės diena,. kviečiami lektoriai, specialistai, kurie 6-9 kl. mokiniams veda paskaitas apie lytinį švietimą.
Mokykloje ypač didelis dėmesys skiriamas pilietiškumo, socialinio raštingumo, saviugdos sritims, kuriose mokytojai plėtoja mokinių vertybines nuostatas, ugdo bendruosius gebėjimus. Religijotyros ir etikos mokytojai inicijavo prevencinį projektą „Žinai, kuo rizikuoji?“. Šis projektas jau tapo tradiciniu. Integruota pamoka „Piešiu giminės genealoginį medį“ (lietuvių k., istorija, etika) ypač palankiai mokinių vertinama, nes prisiliečiama prie jų pačių istorijos. 5-10 kl. mokiniai mielai rašo „Laišką sau“, kuris ugdo savęs pažinimą. Nuo savęs einama prie tautos, tad istorikai atsakingai parengia mokinius valstybinių švenčių minėjimui, įtraukia bendruomenę į visuomeninių iniciatyvų palaikymą. Kasmet laukiame ir kūno kultūros mokytojų organizuotos sporto šventės „Sugrįžimai“, nes vyksta varžybos su buvusiais mokiniais. Tai ne tik sporto, bet ir susitikimo džiaugsmas.
Ypač daug dėmesio skiriama M.K.Čiurlionio asmenybei ir kūrybai pažinti: skaitoma paskaita, organizuojami gimimo ir mirties minėjimai, rengiama savaitė „Čiurlionio kodas“, kurios metu pristatomi mokinių kūrybos darbai. Mokiniai skatinami dalyvauti ir tradiciniame nacionaliniame konkurse „Švari kalba – švari galva“. Yra pelnę ir apdovanojimų tarptautiniame konkurse „Kalba be ribų“, organizuotame Lietuvių kalbos instituto. Rengiamos pažintinės – teminės ekskursijos po Vilnių ir Lietuvą, su tikslinėmis užduotimis lankoma Knygų mugė. Bendradarbiaujame su Vilniaus m. Etninės kultūros centru ir rengiame Lygiadienio šventes prie Neries. Mokiniai noriai dalyvauja metiniame projekte, skirtame kultūros epochoms ir rašytojams pažinti [rengia CD formatu]. Kasmet rengiamos poezijos skaitymo popietės, kuriose savo kūrybą skaito patys mokiniai ir kviestiniai poetai. Taip pat laukiami susitikimai su žymiais žmonėmis (įsimintini liko rašytoja Vanda Juknaitė, aktorius ir režisierius Valentinas Masalskis, humanitaras Darius Kuolys, jaunieji poetai: A.Veiknys, V.Stankus, M.Nastaravičius, A.Kaziliūnaitė ir kiti). Mokinių kūryba spausdinama mokykloje leidžiamame almanache „Volungė“.