Muzikos skyrius, dabartinės Nacionalinės M.K.Čiurlionio menų mokyklos pradžia, įkurtas 1945 metais, kiti skyriai - vėliau (1952 m. - choreografijos, 1960 m. - dailės). Nuo pirmųjų mokyklos darbo metų muzikos skyriuje mokoma šių specialybių - fortepijono, styginių, pučiamųjų, chorinio dirigavimo, muzikos teorijos. 1950 m. mokyklą baigė pirmoji pianistų, 1952 m. - styginių, 1956 m. - chorvedžių ir pūtikų laida, 1957 m. - pirmieji teorinio skyriaus absolventai. Bėgant laikui, muzikos skyriuje mokėsi vis daugiau moksleivių ir 30-40 gabiausių kasmet baigdavo mokyklą. Šiuo metu muzikos skyriaus absolventų skaičius siekia jau per 1000. Ir dabartinių moksleivių, ir mokyklą baigusių pavardės dažnai pastebimos koncertų, rečitalių afišose, jie koncertuoja garsiosiose pasaulio scenose, groja orkestruose, ansambliuose, dalyvauja festivaliuose bei konkursuose.

Mokykloje kelią į didįjį meną pradėjo garsūs Lietuvos menininkai: Leopoldas Digrys, Feliksas Bajoras, Jonas Aleksa, Mūza Rubackytė, Gintaras Rinkevičius, Aldona ir Jurgis Dvarionai, Dovydas Geringas, Danutė Pomerancaitė, Audronė ir Birutė Vainiūnaitės, Bernardas Vasiliauskas, Veronika Vitaitė, Martynas Švėgžda von Bekeris, Juozas Širvinskas ir daugelis kitų.

Fortepijono skyrius, vadovaujamas mokytojos ekspertės A.Šikšniūtės, jau seniai garsėja aukšto lygio pedagogais ir jų išugdytais pianistais. Jie žymūs Lietuvoje ir už jos ribų, ne kartą yra tapę įvairių respublikinių ir tarptautinių konkursų laureatais. Šio skyriaus absolventai - aktyvūs nūdienos Lietuvos ir užsienio koncertinio gyvenimo dalyviai. Pastaraisiais metais mokyklos vardą garsina  Kristina Annomukhamedova, Ugnė Danutė Vazgilevičiūtė (mokytoja D.Berulytė), Aretas Botyrius (mokytoja J. Karosaitė), Ignas Maknickas (mokytoja V. Lipniagovienė).

Styginių skyriui vadovauja mokytojas Dainius Puodžiukas. Čia jaunieji muzikai ne tik rengia solo programas, bet dažnai koncertuoja su  mokyklos styginių ir simfoniniais orkestrais, groja įvairios sudėties ansambliuose. Koncerte, skirtame mokyklos 60-ečiui skambėjo F.Mendelssohn-Bartholdy Koncertas smuikui ir orkestrui e-moll, kurio tris dalis su mokyklos orkestru atliko net trys solistai - A.Galdikas, F.Petraitis (mokytoja U.Jagėlaitė) ir A.Šochas (mokytoja B.Šmidtienė).

Prieš keletą dešimtmečių šviesios atminties mokytojo T.Šerno įkurtas smuikininkų ansamblis šiandien išaugo į du kolektyvus - vyresniųjų ir mažųjų smuikininkų ansamblius, kuriems vadovavo mokytojai A.Krevnevičius ir A.Šilalė. Garsusis smuikininkų ansamblis, pelnęs  apdovanojimus tarptautiniuose konkursuose, grojęs šimtus koncertų prestižinėse salėse ir šiandien nuolat kviečiamas dalyvauti įvairiuose renginiuose. 2005 m. jie grojo bendrame koncerte, skirtame žymaus olandų pedagogo Pjero van Hauvės 85 gimtadienio proga Delft mieste. Šiuo metu 5-7 klasių styginių ansambliui vadovauja Artūras Šilalė. 5-8 klasių violončelininkus į ansamblį subūrė mokytojas R.Armonas.
Nuo 9-os klasės mokiniai groja praeityje garsiame mokyklos styginių orkestre, įkurtame prof. S.Sondeckio. Šiuo metu jam vadovauja mokytojas P.Stepanovas. Prieš 30 metų šis orkestras pelnė aukso medalį H.von Karajano konkurse Vokietijoje, o 2005 m. jam įteikta pirmoji premija su pagyrimu tarptautiniame jaunimo orkestrų konkurse Neerpelte Belgijoje. Penkti metai repetuoja ir koncertuoja simfoninis orkestras, vadovaujamas dirigento M.Staškaus. Jų parengtos programos jau skambėjo Nacionalinės Filharmonijos salėje, orkestro gastrolių maršrutai pasiekė Kauną, Šiaulius, Klaipėdą, Plungę, Alytų, Panevėžį.Vyresniųjų klasių moksleiviai griežia kameriniuose ansambliuose. Mokyklos styginių kvartetas (mokytoja A.Vainiūnaitė) pelnė laurus konkurse "Skambanti banga". Ryškiausi styginių skyriaus talentai, nuolat siekiantys naujų aukštumų konkursuose, dažnai koncertuojantys: A.Šochas, (mokytoja B.Šmidtienė), Dmitrij Berezin (mokytoja T.Kuc), Elena Daunytė (mokytojas R.Armonas), Aistė Baliunytė (mokytoja D.Šlyžienė), Rūta Mažolytė (mokytojas J. Dvarionas).Styginių skyriuje dirba ne vienas puikus pedagogas, išugdęs atlikėjus, šiandien garsinančius Lietuvos vardą pasaulyje.

Chorinio dirigavimo skyriuje greta individualių disciplinų ypatingas dėmesys skiriamas moksleivių dainavimui bendrame chore. Šiuo metu mokykloje suburti keli chorai. Patiems mažiausiems - pirmaklasiams vadovauja mokytoja E.Ganusauskienė, 2-6 klasių choristams diriguoja šio skyriaus vedėja S.Krikščiūnaitė. Su vyriausiais (7-12 klasių) chorvedžiais dirba mokytojas R.Gražinis. Mokyklos choristai aktyviai dalyvauja įvairiuose projektuose, rengia naujas chorines partitūras.

Teoriniame skyriuje mokoma įvairių disciplinų: solfedžio, ritmikos, muzikos istorijos, muzikos teorijos, harmonijos, muzikos kūrinių analizės, kompozicijos. Teorinio skyriaus pedagogai, vadovaujami mokytojo eksperto A.Kiškio, lavina įgūdžius, be kurių neįmanomas visapusis muzikos suvokimas bei jos pažinimas. Gabūs moksleiviai 9-je klasėje gali rinktis teoretiko ar kompozicijos specialybes.

Pučiamųjų instrumentų skyriui vadovauja Antanas Ladyga. Aktyviai koncertuoja, dalyvauja respublikiniuose ir tarptautiniuose konkursuose varinių pučiamųjų kvintetas (vadovas A.Ladyga), S.Ščerbavičiūtė (mokytojas L.Gailiūnas), V.Oškinis (mokytoja Ž.Valkaitytė).